Tarımsal alanlarda yoğun olarak kullanılan kimyasal gübre ve ilaçlar sebebiyle toprakta aşırı kimyasal ve organik kirlilik oluşur.Evsel atık sular,kentsel ve tarım alanlarından süzülen sular ve sanayi işletmelerinden gelen atık sular da bol miktarda kirlilik(besin) içerirler.

Bu tarz kimyasal ve organik çevre kirleticisinin faydalı mikroorganizmalar yardımıyla uzaklaştırılması işlemine bioremediasyondenir. Bu teknik ile bakteriler ve fungus türleri kullanılarak kirliliğin hızlı bir şekilde kaldırılması sağlanır.

Doğada biyolojik onarım yapılacak alanda onarımı sağlayan bu faydalı mikroorganizmalar laboratuvarda yetiştirilerek kirlilik yükü olan bölgeye aşılanarak orada üremeleri sağlanır. Bu sayede kirlilik hızlıca temizlenmiş olur.

• Bu faydalı mikroorganizmalar sayesinde toprakta doğal olarak bulunan organizmaların yeniden çoğalması, toprak kökenli patojenlerin baskı altında tutulması sağlanır. Bitkilerin besin alımını arttırır ve toprağın biyolojik çeşitliliğini geri kazanmak için kullanılır. Toprağın pH dengesini regüle eder.

• Bu mikroorganizmalar göl, gölet,akarsu ve su arıtma tesislerinde bulunan organik maddeyi besin olarak kullanırlar ve hızla çoğalarak suyun KOİ ve BOİ değerlerinin düşmesine neden olurlar.

• İnorganik fosfor ve azot tuzları alglerin ,su yosunlarının ve diğer su bitkilerinin aşırı üremesine sebep olurlar.(ötrofikasyon) Ötrofikasyon sulak alan ekosistemlerini bozarak burada yaşayan kuş, balık ve diğer canlı türlerinin yok olmasına neden olur. İleri safhalarında oksijen tükeneceği için su ekosisteminin ölümüne neden olabilir. Faydalı mikroorganizmalar azotu denitrifikasyon ve nitrifikasyon yoluyla gidermektedir. Fosfor ise mineralizasyon denilen olay sayesinde biyolojik olarak inorganik fosfora parçalanıp ardından biyolojik ve kimyasal süreçlerle uzaklaştırılır. Su içindeki mikrobiyal aktivite devam ettiği sürece arıtma da devam edecektir böylece suyun biyolojik kalitesinde yükselme gerçekleşir.

• Suyun içindeki organik madde yükü çok yüksek olunca suda erimiş oksijen biter ve pütrifikasyon(kokuşma) başlar. Faydalı mikroorganizmalar ortama eklendiğinde ise kokuşarak parçalanma fermentasyon yoluyla parçalanmaya dönüşür. Böylece kötü kokular yok edilir.